Inicialmente adotou metodologia de acompanhamento proposta por Yulen Etxebeste, cooperante basco associado à Mundukide Fundazioa, entidade pertencente à Experiência Cooperativa de Mondragón. 

Posteriormente houve uma evolução no que toca especialmente à metodologia de acompanhamento de Empreendimentos da Economia Solidária (EES) buscando integrar atividades de Ensino Pesquisa e Extensão (EPE).

Em 2016 retoma-se o desenvolvimento da ferramenta Manual de Acompanhamento a Empresas Sociais dos Assentamentos de Reforma Agrária (MAE), desenvolvida pela Confederação das Cooperativas de Reforma Agrária do Brasil (CONCRAB) nos anos 2004-2006. 

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A partir dessa data o NECOOP se soma ao LECERA/UFSC, ao Instituto Conscientiae, e à Fundação Mundukide, para seguir na atualização e desenvolvimento da metodologia do MAE.

A previsão é que ao final de 2020 o Manual deva ser publicado pela Editora Expressão Popular.

Nesse sentido a metodologia de trabalho do NECOOP com os empreendimentos sociais estará em sua totalidade consolidada no Manual, de forma a que seus bolsistas e voluntários possam se guiar por meio das orientações aí definidas.